PQStat Podręcznik Użytkownika PQStat English pqstat.pl

ANOVA powtarzanych pomiarów

Kiedy stosować ten test:

Jednoczynnikowa analiza wariancji dla powtarzanych pomiarów, czyli ANOVA dla grup zależnych, pozwala sprawdzić, czy średnia wartość badanej cechy jest taka sama przy co najmniej trzech pomiarach wykonanych na tych samych obiektach w różnych warunkach (np. przed leczeniem, w trakcie i po leczeniu). Test wskazuje jedynie, czy takie różnice w ogóle istnieją – nie mówi, między którymi konkretnie pomiarami występują; do tego służą testy POST-HOC, opisane niżej.

Warunki stosowania

  • pomiar na skali interwałowej,
  • normalność rozkładu dla wszystkich zmiennych będących różnicą par pomiarowych (lub normalność badanej zmiennej dla każdego pomiaru),
  • model zależny,
  • sferyczność: wariancje różnic pomiędzy wszystkimi parami pomiarów powinny być sobie bliskie.

Założenie sferyczności sprawdza się testem Mauchly'a. Gdy nie jest ono spełnione, stosuje się ANOVA powtarzanych pomiarów z korektą Epsilon i MANOVA.

Jak ustawić analizę

Statystyka \(\to\) Testy parametryczne \(\to\) ANOVA dla grup zależnych (lub poprzez Kreator).

Krok 1. Wskaż zmienne odpowiadające kolejnym pomiarom.
Krok 2. Sprawdź założenie sferyczności (test Mauchly'a).
Krok 3. Uruchom analizę.

Wykonanie i interpretacja

Interpretacja wyniku ANOVA powtarzanych pomiarów zależy od wcześniejszej oceny założenia sferyczności, dlatego pełny przykład wykonania i interpretacji tego testu – łącznie z sytuacją, w której założenie to jest naruszone – znajduje się w rozdziale ANOVA powtarzanych pomiarów z korektą Epsilon i MANOVA (patrz Przykład 1).

Definicje miar

Cząstkowa \(\eta^2\) – miara wielkości efektu określająca, jaka część wewnątrzosobowej zmienności wyników wynika z powtarzanych pomiarów badanej zmiennej, a jaka pozostaje niewyjaśniona. Im wyższa wartość, tym silniejszy jest związek pomiędzy pomiarem a wynikiem badanej cechy.

DLA ZAINTERESOWANYCH

Hipotezy:

\[\begin{array}{cl} \mathcal{H}_0: & \mu_1=\mu_2=...=\mu_k,\\ \mathcal{H}_1: & \text{nie wszystkie }\mu_j\text{ są sobie równe }(j=1,2,...,k), \end{array}\]

gdzie \(\mu_1\),\(\mu_2\),...,\(\mu_k\) – średnie badanej zmiennej w kolejnych pomiarach z badanej populacji.

Wzory:

Statystyka testowa ma postać:

\[ F=\frac{MS_{BC}}{MS_{res}}, \]

gdzie:
\(\displaystyle MS_{BC} = \frac{SS_{BC}}{df_{BC}}\) – średnia kwadratów między pomiarami,
\(\displaystyle MS_{res} = \frac{SS_{res}}{df_{res}}\) – średnia kwadratów dla reszt,
\(\displaystyle SS_{BC} = \sum_{j=1}^k\left({\frac{\left(\sum_{i=1}^{n}x_{ij}\right)^2}{n}}\right)-\frac{\left(\sum_{j=1}^k{\sum_{i=1}^{n}x_{ij}}\right)^2}{N}\) – suma kwadratów między pomiarami,
\(\displaystyle SS_{res} = SS_{T}-SS_{BS}-SS_{BC}\) – suma kwadratów dla reszt,
\(\displaystyle SS_{T} = \left(\sum_{j=1}^k{\sum_{i=1}^{n}x_{ij}^2}\right)-\frac{\left(\sum_{j=1}^k{\sum_{i=1}^{n}x_{ij}}\right)^2}{N}\) – całkowita suma kwadratów,
\(\displaystyle SS_{BS} = \sum_{i=1}^n\left(\frac{\left(\sum_{j=1}^k x_{ij}\right)^2}{k}\right)-\frac{\left(\sum_{j=1}^k{\sum_{i=1}^{n}x_{ij}}\right)^2}{N}\) – suma kwadratów między obiektami,
\(df_{BC}=k-1\) – stopnie swobody (między pomiarami),
\(df_{res}=df_{T}-df_{BC}-df_{BS}\) – stopnie swobody (dla reszt),
\(df_{T}=N-1\) – całkowite stopnie swobody,
\(df_{BS}=n-1\) – stopnie swobody (między obiektami),
\(N=nk\),
\(n\) – liczność próby,
\(x_{ij}\) – wartości zmiennej dla \(i\) obiektów \((i=1,2,...n)\) w \(j\) pomiarach \((j=1,2,...k)\).

Statystyka ta podlega rozkładowi F Snedecora z \(df_{BC}\) i \(df_{res}\) stopniami swobody.

Wyznaczoną na podstawie statystyki testowej wartość \(p\) porównujemy z \(\alpha\): gdy \(p \le \alpha\), odrzucamy \(\mathcal{H}_0\) na rzecz \(\mathcal{H}_1\); gdy \(p > \alpha\), nie ma podstaw, aby odrzucić \(\mathcal{H}_0\).

Cząstkowa \(\eta^2\)

\[ \eta^2=\frac{SS_{BC}}{SS_{BC}+SS_{res}} \]

Testy POST-HOC

Wprowadzenie do kontrastów i testów POST-HOC znajduje się w rozdziale Kontrasty i testy POST-HOC dotyczącym jednoczynnikowej analizy wariancji dla grup niezależnych. Poniższe metody stosuje się analogicznie dla powtarzanych pomiarów (liczność w poszczególnych pomiarach jest zawsze taka sama).

Test LSD Fishera
Dla porównań prostych i złożonych.
Przykład – porównania proste (porównanie pomiędzy sobą 2 wybranych średnich):

\(\begin{array}{cc} \mathcal{H}_0: & \mu_j=\mu_{j+1},\\ \mathcal{H}_1: & \mu_j \neq \mu_{j+1}. \end{array}\)

  • \(\mathfrak{(i)}\)

    Wartość najmniejszej istotnej różnicy wyliczana jest z wzoru:

    \[ NIR=\sqrt{F_{\alpha,1,df_{res}}}\cdot \sqrt{\left(\sum_{j=1}^k \frac{c_j^2}{n}\right)MS_{res}}, \]

    gdzie \(F_{\alpha,1,df_{res}}\) to wartość krytyczna (statystyka) rozkładu F Snedecora dla zadanego poziomu istotności \(\alpha\) oraz dla stopni swobody odpowiednio: 1 i \(df_{res}\).

  • \(\mathfrak{(ii)}\)

    Statystyka testowa ma postać:

    \[ t=\frac{\sum_{j=1}^k c_j\overline{x}_j}{\sqrt{\left(\sum_{j=1}^k \frac{c_j^2}{n}\right)MS_{res}}}. \]

    Statystyka ta podlega rozkładowi \(t\)-Studenta z \(df_{res}\) stopniami swobody. Dla kontrastów wielkość \(\sqrt{\left(\sum_{j=1}^k \frac{c_j^2}{n}\right)MS_{res}}\) zastąpiona jest błędem kontrastu \(SE_{contrast}\), a stopnie swobody to \(df_{BS}\).

Test Scheffego
Dla porównań prostych.

  • \(\mathfrak{(i)}\)

    Wartość najmniejszej istotnej różnicy wyliczana jest z wzoru:

    \[ NIR=\sqrt{F_{\alpha,df_{BC},df_{res}}}\cdot \sqrt{(k-1)\left(\sum_{j=1}^k \frac{c_j^2}{n}\right)MS_{res}}, \]

    gdzie \(F_{\alpha,df_{BC},df_{res}}\) to wartość krytyczna (statystyka) rozkładu F Snedecora dla zadanego poziomu istotności \(\alpha\) oraz \(df_{BC}\) i \(df_{res}\) stopni swobody.

  • \(\mathfrak{(ii)}\)

    Statystyka testowa ma postać:

    \[ F=\frac{\left(\sum_{j=1}^k c_j\overline{x}_j\right)^2}{(k-1)\left(\sum_{j=1}^k \frac{c_j^2}{n}\right)MS_{res}}. \]

    Statystyka ta podlega rozkładowi F Snedecora z \(df_{BC}\) i \(df_{res}\) stopniami swobody.

Test Tukeya
Dla porównań prostych.

  • \(\mathfrak{(i)}\)

    Wartość najmniejszej istotnej różnicy wyliczana jest z wzoru:

    \[ NIR=\frac{\sqrt{2}\cdot q_{\alpha,df_{res},k} \cdot \sqrt{\left(\sum_{j=1}^k \frac{c_j^2}{n}\right)MS_{res}}}{2}, \]

    gdzie \(q_{\alpha,df_{res},k}\) to wartość krytyczna (statystyka) rozkładu studentyzowanego rozstępu dla zadanego poziomu istotności \(\alpha\) oraz \(df_{res}\) i \(k\) stopni swobody.

  • \(\mathfrak{(ii)}\)

    Statystyka testowa ma postać:

    \[ q=\sqrt{2}\frac{\sum_{j=1}^k c_j\overline{x}_j}{\sqrt{\left(\sum_{j=1}^k \frac{c_j^2}{n}\right)MS_{res}}}. \]

    Statystyka ta podlega rozkładowi studentyzowanego rozstępu z \(df_{res}\) i \(k\) stopniami swobody.

Info. Algorytm obliczania wartości \(p\) i statystyki rozkładu studentyzowanego rozstępu w PQStat bazuje na pracy Lunda (1983)[108]. Inne programy lub strony internetowe mogą wyliczać nieco inne wartości niż PQStat, gdyż mogą bazować na mniej precyzyjnych lub bardziej restrykcyjnych algorytmach (Copenhaver i Holland (1988), Gleason (1999)).

Test dla trendu
Test badający istnienie trendu może być wyliczany w takiej samej sytuacji jak ANOVA dla zmiennych zależnych, gdyż bazuje na tych samych założeniach, inaczej jednak ujmuje hipotezę alternatywną – wskazując w niej na istnienie trendu wartości średnich w kolejnych pomiarach. Analiza trendu w ułożeniu średnich oparta jest na kontrastach Testu LSD Fishera. Tabela przykładowych wartości kontrastów dla wybranych trendów znajduje się w opisie testu dla trendu dla ANOVA zmiennych niezależnych.

Trend liniowy analizujemy w oparciu o kontrast liniowy, przypisując pomiarom uporządkowanym w naturalny sposób odpowiednie wartości kontrastu i wyliczając statystykę LSD Fishera. Przy znanym oczekiwanym kierunku trendu hipoteza alternatywna jest jednostronna i interpretacji podlega jednostronna wartość \(p\); interpretacja dwustronnej wartości \(p\) oznacza, że badacz nie zna (nie zakłada) kierunku ewentualnego trendu. Wyznaczoną wartość \(p\) porównujemy z \(\alpha\): gdy \(p \le \alpha\), odrzucamy \(\mathcal{H}_0\) na rzecz \(\mathcal{H}_1\); gdy \(p > \alpha\), nie ma podstaw, aby odrzucić \(\mathcal{H}_0\).