PQStat Podręcznik Użytkownika PQStat English pqstat.pl

Porównywanie modeli regresji wielorakiej mieszanej

Kiedy stosować:

Porównywanie modeli służy do wyboru takiego zestawu zmiennych niezależnych (efektów stałych), który opisuje dane najlepiej przy możliwie małej liczbie parametrów. Działa tak samo jak porównywanie modeli regresji wielorakiej: porównujemy model pełny z modelem zredukowanym (bez części zmiennych) albo pozwalamy programowi wybrać model automatycznie (dobór wsteczny, w przód, krokowy lub przegląd podzbiorów).

W modelach mieszanych obowiązuje jedna dodatkowa zasada: struktura losowa jest wspólna dla wszystkich porównywanych modeli. Dobór dotyczy wyłącznie efektów stałych, a losowy wyraz wolny, losowe nachylenia i typ kowariancji ustalone w oknie pozostają w każdym z modeli. Zmienna, której nadano losowe nachylenie, pozostaje w każdym porównywanym modelu jako efekt stały (nie można usunąć efektu stałego zmiennej, zachowując jej losowe nachylenie). O tym, czy same efekty losowe są potrzebne, decydują testy LR w raporcie regresji wielorakiej mieszanej.

Definicje miar

Modele porównuje się na podstawie kryteriów informacyjnych AIC, AICc i BIC (im mniejsza wartość, tym lepszy model) oraz testu ilorazu wiarygodności (LR) dla modeli zagnieżdżonych: statystyka \(2(\ell_P-\ell_Z)\) (\(\ell_P\), \(\ell_Z\) – logarytm wiarygodności modelu pełnego i zredukowanego) ma rozkład \(\chi^2\) o liczbie stopni swobody równej liczbie usuniętych zmiennych. Nieistotny wynik oznacza, że usunięte zmienne nie wnoszą informacji i należy wybrać model prostszy; wynik istotny – że model pełny jest istotnie lepszy.

Uwaga! Kryteria informacyjne i test LR dla modeli różniących się efektami stałymi są poprawne tylko przy estymacji metodą największej wiarygodności (ML). Dlatego dobór modeli jest zawsze prowadzony metodą ML, niezależnie od ustawienia Współczynniki modeli. To ustawienie decyduje jedynie, jaką metodą (REML czy ML) mają być policzone tabele współczynników prezentowanych modeli – zalecane REML, bo daje nieobciążone wariancje.

Ocena modeli poza zbiorem uczącym

Kryteria informacyjne i test LR są wyznaczane na tych samych danych, na których dopasowano modele, przez co ocena modeli jest zbyt optymistyczna. Tak jak w porównywaniu modeli regresji wielorakiej, w oknie analizy można więc włączyć ocenę modeli na obserwacjach, które nie brały udziału w ich dopasowaniu (opcja Walidacja): walidację krzyżową \(k\)-krotną albo losowy zbiór testowy, z podziałem wyznaczonym przez Ziarno. Dla każdego modelu raport podaje wtedy RMSE, MAE i \(R^2\) predykcji, a w bloku doboru modelu – błąd modelu zerowego i najlepszy model wg walidacji (o najmniejszym RMSE); jako kryterium doboru automatycznego można też wybrać błąd walidacji. W modelach mieszanych obowiązują dwie dodatkowe zasady:

  • dzielone są całe grupy – wszystkie obserwacje jednej grupy (np. jednego pacjenta) trafiają do tej samej części danych. Obserwacje tej samej grupy są ze sobą skorelowane, więc rozdzielenie ich między część uczącą i ocenianą zaniżałoby błąd. Liczba podziałów \(k\) jest ograniczana do liczby grup, a udział zbioru testowego oznacza procent grup;
  • przewidywanie dla nowej grupy opiera się wyłącznie na efektach stałych – efekt losowy grupy, której nie było w zbiorze uczącym, nie jest znany, dlatego przyjmuje się jego wartość oczekiwaną, czyli zero. Miary walidacji mówią więc, jak dobrze efekty stałe modelu przewidują obserwacje nowej grupy (np. nowego pacjenta), i odpowiadają \(R^2\) brzegowemu, a nie warunkowemu. RMSE obejmuje także zmienność między grupami, jest więc większe niż odchylenie standardowe reszt modelu.

Modelem zerowym jest tu model z wyrazem wolnym, wspólną strukturą losową i zmiennymi, którym nadano losowe nachylenie (pozostają one w każdym modelu); jest on dopasowywany i oceniany tak samo jak pozostałe modele.

Jak ustawić analizę

Statystyka \(\to\) Modele mieszane \(\to\) Regresja wieloraka mieszana – porównywanie modeli.

W oknie wskazujemy zmienną zależną \(Y\), zmienne modelu pełnego i zmienne modelu zredukowanego (lub kryterium doboru automatycznego), tak jak w porównywaniu modeli regresji wielorakiej. Opcje modelu mieszanego:

  • Zmienna grupująca (ID) – kolumna identyfikująca grupę; wspólna dla wszystkich modeli,
  • Losowe nachylenia (z X modelu pełnego) – zmienne, których efekt różni się między grupami; taka zmienna pozostaje w każdym porównywanym modelu,
  • Kowariancja efektów losowych – niezależne lub pełna z korelacją, wspólna dla wszystkich modeli,
  • Współczynniki modeli (dobór: ML) – REML lub ML dla tabel współczynników; sam dobór zawsze ML,
  • Stopnie swobody efektów stałych – Satterthwaite lub test z Walda w tabelach współczynników,
  • Kryterium – kryterium doboru automatycznego: AIC, AICc, BIC, p (test LR / F) z progiem albo błąd walidacji,
  • Walidacja – brak, krzyżowa, k = z liczbą podziałów (od 2 do 100, domyślnie 10) albo zbiór testowy, % = z udziałem zbioru testowego w procentach grup (od 5 do 90, domyślnie 30); dzielone są całe grupy,
  • Ziarno – ziarno losowania podziału (domyślnie 12345); to samo ziarno oznacza ten sam podział.

Wyniki i interpretacja

Raport zawiera ramkę z opisem wspólnej struktury losowej (zmienna grupująca, liczba grup, składniki losowe, kowariancja), tabelę Kryteria informacyjne i testy LR z wartościami \(-2LL\) (ML), AIC, AICc, BIC, \(R^2\) brzegowym i warunkowym każdego modelu oraz testem LR między kolejnymi modelami, a także tabele współczynników porównywanych modeli (efekty stałe warunkowe, z wariancjami efektów losowych każdego modelu). Jeśli dla któregoś modelu wystąpiło dopasowanie osobliwe, jest to zaznaczone w tabeli. Przy włączonej walidacji raport zawiera dodatkowo blok Ocena poza zbiorem uczącym (sposób podziału, ziarno, jednostka podziału, błąd modelu zerowego, najlepszy model wg walidacji), a przy każdym modelu – RMSE, MAE i \(R^2\) predykcji.

Przykład 1. c.d. przykładu 2 (plik ortodoncja.pqs)
W modelu wzrostu odległości przysadka–szczelina skrzydłowo-szczękowa znalazły się: wiek, płeć i interakcja wiek\(\times\)płeć. Sprawdzimy, czy interakcja (różne tempo wzrostu dziewczynek i chłopców) jest rzeczywiście potrzebna, porównując model pełny z modelem zredukowanym bez interakcji. Struktura losowa: losowy wyraz wolny i losowe nachylenie wieku, kowariancja pełna, wspólne dla obu modeli.

Model pełny ma \(-2LL=348.70\) (ML), AIC \(=364.70\), BIC \(=384.52\); model bez interakcji \(-2LL=354.99\), AIC \(=368.99\), BIC \(=386.33\). Test LR: \(\chi^2=354.99-348.70=6.28\), \(df=1\), \(p=0.012\) – usunięcie interakcji istotnie pogarsza dopasowanie, a oba kryteria informacyjne wskazują model pełny. Zostajemy przy modelu z interakcją: dziewczynki i chłopcy rosną w różnym tempie. Gdybyśmy dodatkowo porównali model z samym wiekiem (\(-2LL=360.72\), AIC \(=372.72\)), okazałoby się, że płeć wnosi informację tylko razem z interakcją – w modelu bez interakcji jej efekt to średnia różnica w całym zakresie wieku (\(b=-2.04\), \(p=0.008\)), która ukrywa fakt, że różnica ta rośnie z wiekiem.

test LR pełny vs bez interakcji: \(\chi^2=6.28\), \(df=1\), \(p=0.012\); AIC \(364.70\) vs \(368.99\)
Interakcja wiek\(\times\)płeć pozostaje w modelu.

Ocena poza zbiorem uczącym. Sprawdzimy jeszcze, czy interakcja poprawia przewidywanie wzrostu u dzieci, które nie brały udziału w dopasowaniu modelu. To samo porównanie powtarzamy, wybierając w polu Walidacja opcję krzyżowa, k = z 10 podziałami (ziarno 12345). Dzielonych jest 27 pacjentów, a nie 88 pomiarów – wszystkie pomiary jednego dziecka trafiają do tej samej części.

zbiór uczącywalidacja krzyżowa (\(k=10\))
modelAICRMSEMAE\(R^2\) predykcji
zerowy (sam wiek)2.461.84
Model 1 (z interakcją)364.702.271.800.41
Model 2 (bez interakcji)368.992.311.800.38

Model z interakcją ma mniejszy błąd poza zbiorem uczącym (RMSE \(=2.27\) mm wobec \(2.31\) mm) i większe \(R^2\) predykcji (\(0.41\) wobec \(0.38\)); oba modele przewidują lepiej niż model zerowy, który – ze względu na losowe nachylenie wieku – zawiera sam wiek (RMSE \(=2.46\) mm). Walidacja potwierdza więc wynik testu LR i kryteriów informacyjnych, choć przewaga modelu z interakcją jest niewielka. Warto zauważyć, że \(R^2\) predykcji (\(0.41\)) jest zbliżone do \(R^2\) brzegowego modelu (\(0.47\)), a nie do warunkowego (\(0.82\)): dla nowego dziecka nie znamy jego efektu losowego, więc przewidywanie opiera się na samych efektach stałych.

walidacja krzyżowa (\(k=10\), całe grupy): RMSE \(=2.27\) (z interakcją), \(2.31\) (bez interakcji), \(2.46\) (model zerowy)
Najlepszym modelem według walidacji jest model z interakcją wiek\(\times\)płeć.